システム開発に使える補助金【2026年版】対象経費・選び方と申請の注意点を解説

「業務のシステムを作りたいが、費用が大きく踏み出せない」「システム開発に使える補助金があると聞いたが、どれを選べばよいかわからない」。中小企業の経営者や担当者から、こうした相談をよくいただきます。

システム開発には、目的に合った補助金を選べば、費用の一部の補助を受けられる場合があります。一方で、補助金によって対象となるシステムや経費、申請の条件が大きく異なり、選び方を誤ると、せっかく申請しても対象外になることもあります。

本記事では、2026年10月時点の公的な情報や解説をもとに、システム開発に使える主な補助金、それぞれの対象経費、目的別の選び方、申請の流れ、注意点までを整理します。なお、補助金の内容は公募の回ごとに変わるため、申請の前には必ず最新の公募要領を確認してください。

確認したいポイント	結論	詳細
システム開発に補助金は使える？	目的に合えば使える制度がある	新製品の開発、省力化、ITツールの導入など、目的に合った補助金を選べば、システムの費用の一部の補助を受けられます。
どの補助金が候補？	主に4つの制度が候補になる	デジタル化・AI導入補助金、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金、省力化投資補助金、持続化補助金などです。
自社専用の開発も対象？	制度によって扱いが異なる	デジタル化・AI導入補助金は登録済みのツールが中心です。自社専用の開発は、ほかの補助金で対象になる場合があります。
注意点は？	交付の決定の前に契約しない	多くの補助金は、交付の決定の前に契約・発注した費用は対象外です。また、補助金は後払いのため資金の準備が必要です。

この記事でわかること

• システム開発に使える主な補助金と、それぞれの特徴
• 補助金で対象になる経費と、対象にならない経費
• 開発の目的に合った補助金の選び方
• 補助金の申請から受け取りまでの流れ
• 交付の決定の前の契約や資金の準備など、申請の注意点

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システム開発に補助金は使える？

最初に、システム開発と補助金の関係を確認しておきましょう。

目的に合った補助金なら使える

補助金は、国や自治体が、政策の目的に合った取り組みを支援するための制度です。システム開発そのものを支援する補助金というよりも、生産性の向上、新しい事業への進出、人手不足の解消などの目的のために、システムの費用も対象になる補助金がある、と考えるとわかりやすいでしょう。

そのため、システムを作る目的を明確にすることが、補助金を選ぶ第一歩になります。

また、補助金は予算の年度や公募の回数ごとに、名称、内容、申請の期間が変わることが多くあります。過去の情報をもとに判断せず、最新の公募の情報を確認することが大切です。

補助金と助成金の違い

一般に、補助金は審査によって採択されるかどうかが決まり、予算や採択の件数に限りがあります。助成金は、条件を満たせば受け取れるものが多いとされています。システム開発に使える制度の多くは、審査がある補助金です。

主な補助金の一覧

システム開発に使える主な補助金を、表で整理します。

補助金	向いている目的	システム開発の扱い（解説などによる）
デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）	業務の効率化のためのITツールの導入	事前に登録されたITツールが中心。自社専用の開発は対象外の場合が多い
新事業進出・ものづくり商業サービス補助金	新製品・新サービスの開発、新しい事業への進出	専用のソフトウェアや情報システムの構築費が対象になり得る
中小企業省力化投資補助金（一般型）	人手不足の解消、省力化	省力化のためのシステムの構築費が対象になり得る
小規模事業者持続化補助金	販路の開拓	ウェブサイトの関連の費用として、上限つきで対象になり得る

デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）

ITツールの導入に広く使われている補助金です。

制度の概要

中小企業庁の発表によると、デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者等の労働生産性の向上を目的として、デジタル化やDX等に向けたAIを含むITツール（ソフトウェア、サービス等）の導入を支援する制度です。令和7年度補正予算の事業から、「IT導入補助金」から名称が変更されました。

中小企業庁は、2026年3月10日に「デジタル化・AI導入補助金2026」の公募要領を公開しています。

対象になるもの

解説によると、この補助金は、IT導入支援事業者が事前に登録したITツールを導入する場合が対象です。ソフトウェアの購入費、クラウドの利用料、導入の関連の費用などが対象になるとされています。

また、解説によると、2026年度からは、AIの機能を持つツールが補助の対象として明確に位置づけられたと紹介されています。

補助の額と補助率の目安

解説によると、通常枠では、補助率が2分の1以内で、補助の額は最大450万円と紹介されています。申請の枠によって、補助率や上限が異なります。

自社専用の開発は対象外の場合が多い

この補助金は、事前に登録されたITツールが中心のため、自社専用にゼロから作るシステム（スクラッチ開発）は、対象外になる場合が多いとされています。自社専用の開発を考えている場合は、次に紹介する補助金を検討しましょう。

申請は、IT導入支援事業者と一緒に行う仕組みです。導入したいツールが決まったら、そのツールを扱う支援事業者に相談しましょう。

新事業進出・ものづくり商業サービス補助金

新製品・新サービスの開発や、新しい事業への進出に伴うシステム開発で、候補になる補助金です。

ものづくり補助金からの統合

解説によると、ものづくり補助金の新規の公募は、第23次（2026年5月締め切り）が最後となり、2026年度からは、新事業進出補助金と統合した「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」として実施されています。2026年6月に第1回の公募が始まったと紹介されています。

申請の枠と補助の額の目安

解説によると、革新的な新製品・サービスの開発を支援する枠と、新しい事業への進出を支援する枠などがあり、従業員の数や賃上げの有無によって補助の上限が異なると紹介されています。

たとえば、革新的な新製品・サービスの枠は750万円から2,500万円、新事業への進出の枠は2,500万円から7,000万円が上限の目安（賃上げの特例でさらに上乗せ）とされています。

システムの構築費が対象になり得る

解説によると、旧ものづくり補助金の公募要領では、「機械装置・システム構築費」の中に、その事業のためだけに使う専用のソフトウェア・情報システムの購入・構築・借用の費用が挙げられていました。自社専用のシステムも、事業の計画に合っていれば対象になり得ます。

ただし、単に既存の業務を効率化するだけのシステムは、新製品・新サービスの開発や新しい事業という制度の目的に合わず、対象にならない場合があります。

また、解説では、事業の主な課題の解決そのものを外部にまとめて委託する計画は、対象にならない場合があるとも紹介されています。自社が主体となって取り組む計画にすることが大切です。

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中小企業省力化投資補助金

人手不足の解消や、省力化のためのシステム開発で、候補になる補助金です。

一般型とカタログ注文型

解説によると、この補助金には、あらかじめカタログに掲載された製品を導入する「カタログ注文型」と、企業の実態に合わせた省力化の投資を支援する「一般型」があります。

自社に合わせたシステムの開発を考える場合は、一般型が候補になります。

システムの構築費が対象になり得る

解説によると、一般型では、機械装置・システム構築費が主な補助の対象とされ、IoTやロボット、AIなどを活用した省力化の設備やシステムの導入を支援すると紹介されています。

補助の上限は、従業員の数によって異なり、特例を含めて最大1億円、補助率は最大3分の2と紹介されています。解説によると、2026年8月に第8回の公募が公開されたとされています。

省力化の効果を示す

この補助金では、システムの導入によって、どれくらい作業の時間や人手が減るのかを、具体的に示すことが大切です。

現在の作業の時間や人数を記録しておくと、導入前後の比較がしやすくなり、計画の説得力も高まります。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者の販路の開拓を支援する補助金で、Webサイトなどの費用に使える場合があります。

ウェブサイトの関連の費用として扱われる

解説によると、この補助金では、システムの開発やソフトウェアの費用は「ウェブサイト関連費」として扱われ、その申請の上限は、補助金の交付の申請の額の4分の1、かつ最大50万円と紹介されています。

大きなシステムの開発には向きませんが、販路の開拓のためのWebサイトや、簡単な予約の仕組みなどに活用できる場合があります。

目的別の補助金の選び方

システム開発の目的によって、候補になる補助金が変わります。

既存のITツールを導入したい

会計、勤怠、受発注、顧客の管理などの、すでにあるITツールを導入したい場合は、デジタル化・AI導入補助金が候補です。対象のツールは、制度の公式のサイトで検索できます。

既存のツールで業務の多くをまかなえる場合は、ゼロから開発するよりも、費用と期間を抑えられることが多くあります。

新製品・新サービスのためのシステムを作りたい

新しい製品やサービスを提供するためのシステムを作りたい場合は、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金が候補です。事業の計画の中で、システムがどのような役割を果たすかを示します。

人手不足を解消するシステムを作りたい

作業の自動化や、人手のかかる業務の省力化のためのシステムを作りたい場合は、中小企業省力化投資補助金（一般型）が候補です。

AIを使った業務の自動化の仕組みも、省力化の取り組みとして検討できる場合があります。業務の自動化の仕組みづくりは、ネクストスケールのAI業務自動化・GAS開発でも支援しています。

販路の開拓のためのWebサイトを作りたい

小規模事業者が、販路の開拓のためにWebサイトを作りたい場合は、小規模事業者持続化補助金が候補です。

自治体の補助金も確認する

国の補助金のほかに、都道府県や市区町村が独自に実施する補助金や助成金もあります。本社の所在地の自治体のサイトも確認しましょう。

地域の商工会議所や商工会でも、補助金の情報や相談の窓口が用意されている場合があります。

自治体の補助金は、国の補助金より上限は小さいものの、対象が地域の企業に絞られていることが多く、活用しやすい場合があります。

対象になる経費と、ならない経費

補助金の対象になる経費は、制度ごとに決まっています。一般的な考え方を紹介します。

対象になりやすい経費

解説によると、システムの構築費、ソフトウェアの購入費、クラウドの利用料、外部への委託の費用、専門家への相談の費用などが、制度によって対象になります。

対象になりにくい経費

解説によると、自社の従業員の人件費、パソコンやタブレットなどの汎用的な機器、不動産や車両などは、多くの場合、対象外とされています。

対象になるかどうかの判断に迷う経費は、事務局の問い合わせの窓口に確認すると安心です。

また、事業の目的以外にも使えるものや、補助の期間の外に発生した費用も、対象にならないのが一般的です。

セキュリティの対策の費用

解説によると、制度によっては、システムのセキュリティ対策のための脆弱性の診断などの費用も、対象として明記されている場合があります。システムを作る際は、セキュリティの対策も計画に含めましょう。

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申請から受け取りまでの流れ

補助金の一般的な申請の流れを紹介します。制度ごとに細かな手順は異なります。

ステップ1｜公募要領を確認する

まず、最新の公募要領を確認し、対象の事業者、対象の経費、申請の期間、審査の基準などを把握します。

ステップ2｜事業の計画を作る

システムを作る目的、期待する効果、費用、スケジュールなどをまとめた事業の計画を作ります。補助金の審査では、この計画の内容が重視されます。

ステップ3｜電子申請をする

多くの補助金は、電子申請で受け付けています。電子申請には、「GビズIDプライム」のアカウントが必要な場合が多く、取得に時間がかかることもあるため、早めに準備しましょう。

ステップ4｜交付の決定の後に契約・発注する

採択されて交付の決定を受けた後に、システムの開発の契約や発注を行います。

採択の通知と、交付の決定は、別の手続きである場合があります。契約の時期は、公募要領で確認しましょう。

ステップ5｜事業を実施して報告する

システムの開発を進め、決められた期間の中で事業を完了し、実績の報告を行います。

ステップ6｜補助金を受け取る

報告の内容が確認された後に、補助金が支払われます。その後も、事業の効果の報告が求められる場合があります。

事業の計画を作るときのポイント

補助金の審査では、事業の計画の内容が重視されます。計画を作るときのポイントを紹介します。

現状の課題を具体的に書く

どの業務に、どれくらいの時間や人手がかかっているのか、どのような問題が起きているのかを、数字も使って具体的に書きましょう。課題が具体的だと、システムの必要性が伝わりやすくなります。

システムで何が変わるかを示す

システムを導入した後に、作業の時間がどれくらい減るのか、売上や利益がどう変わるのかなど、期待する効果を具体的に示しましょう。根拠のある数字で示すことが大切です。

制度の目的に合っていることを示す

補助金には、それぞれ政策の目的があります。生産性の向上、新しい事業への進出、省力化など、申請する補助金の目的に、自社の計画が合っていることを示しましょう。

実現できる計画にする

開発の体制、スケジュール、費用の見積もりが現実的であることも大切です。開発会社の見積もりや、開発の計画をもとに、実現できる計画を作りましょう。

業種別のシステム開発と補助金の活用例

ここでは、業種別のシステム開発と補助金の活用の例を紹介します。実際に対象になるかは、公募要領で確認してください。

製造業

生産の管理や、検査の自動化のためのシステムは、省力化投資補助金や、新しい製品の開発に伴う場合は新事業進出・ものづくり商業サービス補助金が候補になります。

小売業・サービス業

予約の管理、顧客の管理、在庫の管理などのITツールの導入は、デジタル化・AI導入補助金が候補になります。新しいサービスのためのシステムであれば、ほかの補助金も検討しましょう。

建設業・運輸業

現場の作業の記録や、配車の管理など、人手のかかる業務を減らすシステムは、省力化投資補助金が候補になる場合があります。

申請の注意点

補助金を活用する場合は、次の点に注意が必要です。

交付の決定の前に契約・発注しない

多くの補助金では、交付の決定の前に契約・発注・支払いをした費用は、補助の対象外になります。採択の前にシステムの開発を始めてしまうと、補助を受けられなくなるため注意しましょう。

補助金は後払い

補助金は、事業が完了し、報告が確認された後に支払われる後払いが一般的です。システムの開発の費用は、いったん自社で支払う必要があるため、資金の準備をしておきましょう。

補助金の支払いまでには、事業の完了から数か月かかる場合もあります。金融機関の融資などもあわせて検討しておくと安心です。

採択されるとは限らない

補助金は審査があり、申請しても採択されないことがあります。補助金がなくても進められる計画か、採択されなかった場合の対応も考えておきましょう。

採択されなかった場合でも、次の公募の回に計画を見直して申請することができる場合があります。

補助金を目的にしない

補助金を受けることが目的になってしまうと、本当に必要なシステムと違うものを作ってしまうおそれがあります。まず自社に必要なシステムを考え、そのうえで使える補助金を探す順番で考えることが大切です。

補助金の要件に合わせるために、必要以上に大きなシステムを作ることも避けましょう。完成した後の保守や運用の費用も考えておくことが大切です。

要件の確認と、事後の義務

補助金によっては、賃上げなどの要件が設けられ、達成できない場合は補助金の返還を求められることがあります。申請の前に、事後の義務や返還の条件も確認しましょう。

補助金を活用したシステム開発を成功させるポイント

補助金を活用しながら、本当に役立つシステムを作るためのポイントを紹介します。

業務の課題と目的を明確にする

どの業務の、どのような課題を、システムでどう解決するのかを明確にしましょう。目的が明確だと、補助金の選び方も、システムの設計も定まりやすくなります。

業務の課題の整理には、現場の担当者の意見を聞くことが欠かせません。実際に使う人の声を取り入れることで、使われるシステムになります。

開発の進め方と体制を決める

要件をしっかり決めてから開発する方法と、小さく作って改善を重ねる方法など、開発の進め方にはいくつかの考え方があります。補助金の期間の中で完了できる計画にすることも大切です。開発の進め方の考え方は、アジャイルとウォーターフォールの違いを解説した記事も参考になります。

開発の会社と早めに相談する

補助金のスケジュールに合わせて開発を進めるには、開発の会社と早めに相談し、見積もりや開発の計画を準備しておくことが大切です。

補助金の事業の期間の中で開発を終えられるよう、余裕を持ったスケジュールで計画しましょう。

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システム開発の補助金に関するよくある質問

最後に、システム開発の補助金についてよく寄せられる質問と、その回答を紹介します。

すでに始めた開発に補助金は使える？

多くの補助金では、交付の決定の前に契約・発注した費用は対象外です。すでに始めた開発の費用は、原則として補助の対象になりません。

これから追加で行う開発の部分について、新たな計画として申請できるかは、公募要領で確認しましょう。

複数の補助金を同時に使える？

同じ経費に、複数の国の補助金を重ねて使うことはできないのが一般的です。異なる経費や事業であれば、別の補助金を使える場合もあるため、各制度の公募要領で確認しましょう。

申請は自社だけでできる？

自社だけで申請することもできますが、事業の計画づくりに時間がかかるため、認定経営革新等支援機関などの専門家に相談する企業も多くあります。制度によっては、支援機関の確認が求められる場合もあります。

業務の効率化に役立つツールの選び方の考え方は、業務効率化ツールとは？目的別の選び方と導入のコツでも紹介しています。

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まとめ｜目的に合った補助金を選び、計画的にシステム開発を進めよう

システム開発には、デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金、中小企業省力化投資補助金、小規模事業者持続化補助金などが候補になります。既存のITツールの導入ならデジタル化・AI導入補助金、新製品・新サービスや新事業のためのシステムなら新事業進出・ものづくり商業サービス補助金、省力化のためのシステムなら省力化投資補助金と、目的に合わせて選びましょう。

多くの補助金は、交付の決定の前に契約した費用は対象外で、後払いです。内容は公募の回ごとに変わるため、必ず最新の公募要領を確認しましょう。デジタル化・AI導入補助金については、中小企業庁の「デジタル化・AI導入補助金2026の公募要領を公開しました」で確認できます。

ネクストスケールでは、AI活用の戦略設計から、AIを活用したシステム開発、業務の自動化の仕組みづくり、利用ルールの整備、社員研修までを一気通貫で支援しています。支援の詳細はAIコンサル・AX伴走支援のページで紹介していますので、システム開発をどこから進めるか迷っている場合も、お気軽にご相談ください。

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